Program Studi Doktor Ilmu Kimia sendiri didirikan pada 3 April 2002 melalui Keputusan Dirjen Dikti Nomor 628/D/T/2002 dan awalnya berada di bawah pengelolaan Program Pascasarjana. Pada tahun 2018, melalui Peraturan Rektor Unhas Nomor 8/UN4.1/2018, seluruh program studi monodisiplin dikembalikan ke fakultas terkait, sehingga sejak saat itu Program Studi Doktor Ilmu Kimia dikelola oleh FMIPA Unhas.
Program Studi Doktor Ilmu Kimia telah meraih akreditasi Peringkat A melalui BAN-PT pada tahun 2020, sebagaimana ditetapkan dalam SK BAN-PT Nomor 7855/SK/BAN-PT/Akred/D/XII/2020, berlaku efektif 1 Desember 2020 hingga 1 Desember 2025.